| Title: | Nástroj pro automatickou identifikaci KIR alel |
| Other Titles: | Tool for automatic identification of KIR alleles |
| Authors: | Kratochvílová, Kateřina |
| Advisor: | Houdová Lucie, Ing. Ph.D. |
| Referee: | Kohout Josef, Doc. Ing. Ph.D. |
| Issue Date: | 2020 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | diplomová práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/41750 |
| Keywords: | dna;geny;alela;kir;killer-cell imunoglobulin-like receptor;non-hla;ngs;next-generation sequencing;python |
| Keywords in different language: | dna;gens;alleles;killer-cell imunoglobulin-like receptor;non-hla;ngs;next-generation sequencing;python |
| Abstract: | Diplomová práce se zabývá identifikací KIR alel. Cílem práce je návrh a im- plementace nástroje pro jejich automatickou identifikaci. V práci jsou před- staveny KIR geny a metody získávaní genomických dat s využitím DNA sekvenace, konkrétně next-generation sequencing (NGS). Dále byly analyzo- vány využitelné bioinformatické nástroje. Samotný identifikační nástroj byl vyvíjen na syntetických readech a nakonec testován a verifikován na datech komerčních linii DNA získaných z FN Plzeň/BC LF UK Plzeň. Vytváření syntetických readů probíhalo pomocí nástroje ART, pro zarovnávání readů na referenční DNA sekvence byl využit nástroj Bowtie2. V rámci vývoje bylo navrženo několik možných přístupů, které byly poté vyhodnoceny s ohledem na jejich možné využití. |
| Abstract in different language: | This masters thesis is focused on the identification of KIR alleles. The aim is to design and implement a tool for their automatic identification. First, the KIR genes and methods used to obtain the genomic data using DNA sequencing - next-generation sequencing (NGS) - were introduced. Secondly, the possible bioinformatic tools were analyzed. The identification tool was developed on synthetics reads and then tested and verified by commercial DNA data acquired from FN Plzeň / BC LF UK Plzeň. The creation of synthetic reads was done with a help of ART tool and referencial DNA sequence alligning was done by Bowtie2. During the development, several approaches were proposed and evaluated based on their possible application. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Appears in Collections: | Diplomové práce / Theses (KIV) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| dokumentace_Kratochvilova_Katerina_0.pdf | Plný text práce | 5,12 MB | Adobe PDF | View/Open |
| A17N0035Phodnoceni-ved.PDF | Posudek vedoucího práce | 441,05 kB | Adobe PDF | View/Open |
| A17N0035Pposudek-op.pdf | Posudek oponenta práce | 193,73 kB | Adobe PDF | View/Open |
| A17N0035Pobhajoba.PDF | Průběh obhajoby práce | 298,18 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/41750Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.