| Title: | Návrh algoritmu pro identifikaci řídkých haplotypů u dárců kostní dřeně |
| Other Titles: | The proposal of the rare haplotypes identification algorithm for bone marrow donors |
| Authors: | Vonášek, Adam |
| Advisor: | Houdová Lucie, Ing. Ph.D. |
| Referee: | Fetter Miloš, Ing. |
| Issue Date: | 2017 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | diplomová práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/27107 |
| Keywords: | transplantace kostní dřeně;identifikace haplotypů;alela;řídký haplotyp;genotyp |
| Keywords in different language: | bone marrow transplantation;haplotype identification;allele;rare haplotype;genotype |
| Abstract: | Práce se zabývá vývojem automatické metody identifikace řídkých haplotypů. Haplotypy s nízkou pravděpodobností výskytu je velmi obtížné získat základními metodami, tj. Clarkovým, EM a Bayesovým algoritmem. Nová metoda využívá haplotypy již získané k odvozování nových. Pro identifikaci haplotypu je potřeba najít nejlepší shodu varianty haplotypového páru s údaji v dostupné databázi. Často jsou haplotypy natolik vzácné, tj. řídké, že je potřeba přistoupit k analýze jednotlivých genových vazeb. Nedílnou součástí algoritmu je rozhodovací část, která z variant na základě dostupných parametrů vybírá tu nejvhodnější. Pomocí programu je možné stáhnout populační data z webu, případně stávající zaktualizovat. Taktéž je možné program používat pro porovnávání aktuálních výsledků s již dříve získanými. |
| Abstract in different language: | The thesis deals with development of the automatic rare haplotype identification method. Haplotypes of low occurrence probability are very difficult to obtain by using the elementary methods, i.e. Clark algorithm, EM algorithm, Bayes algorithm. The new method uses haplotypes already obtained to derive new ones. It is necessary to find the best matching of genotype variant and data in the website database available, when doing the haplotype identification. Haplotypes can be so rare, so they need to be identified by single genetic linkages analysis. The decisive algorithm is part and parcel of the algorithm. It chooses the most suitable genotype variant from the possible options. The program can download a population data from a website and it can update the current data. The program is able to compare current results of the algorithm with results previously obtained as well. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení. |
| Appears in Collections: | Diplomové práce / Theses (KKY) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| DiplomovaPrace_Vonasek.pdf | Plný text práce | 2,74 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Vonasek-v.pdf | Posudek vedoucího práce | 1,3 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Vonasek-o.pdf | Posudek oponenta práce | 1,69 MB | Adobe PDF | View/Open |
| Vonasek-p.pdf | Průběh obhajoby práce | 451,89 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/27107Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.