| Title: | Automatické měření metrik NGS zarovnávacích nástrojů |
| Other Titles: | Automatic measurement of metrics of NGS alignment tools |
| Authors: | Staníček, David |
| Advisor: | Houdová Lucie, Ing. Ph.D. |
| Referee: | Jani Filip, Ing. |
| Issue Date: | 2023 |
| Publisher: | Západočeská univerzita v Plzni |
| Document type: | bakalářská práce |
| URI: | http://hdl.handle.net/11025/55045 |
| Keywords: | ngs;dna data;zarovnání ngs dat;automatické hodnocení;editační vzdálenost;ngs zarovnávací nástroje |
| Keywords in different language: | ngs;dna data;ngs data alignment;automatic evaluation;editing distance;ngs alignment tools |
| Abstract: | Tato práce se zabývá vytvořením nástroje pro automatické hodnocení zarovnávacích nástrojů pro data, která jsou výstupem sekvenačních systémů nové generace (NGS). V první části jsou shrnuty základní teoretické poznatky o získávání těchto dat. Dále jsou shrnuty některé nástroje a jejich vlastnosti a aktuální situace poznání v tomto směru. V další části jsou definovány hodnotící metriky, poté následuje sada experimentů spolu s výsledným zhodnocením konkrétních nástrojů. Cílem této práce je vytvořit nástroj, který automaticky podrobuje zarovnávací software zkouškám za účelem zhodnocení jejich výkonu, předností a nedostatků. |
| Abstract in different language: | This work deals with the creation of a tool for automatic evaluation of alignment tools for data generated by next-generation sequencing (NGS) systems. The first part provides a summary of the basic theoretical knowledge about obtaining such data. It further summarizes some tools and their characteristics, as well as the current state of knowledge in this field. The next part defines evaluation metrics, followed by a series of experiments and the resulting assessment of specific tools. The outcome of this work is a tool that automatically subjects alignment software to tests to evaluate their performance, strengths, and weaknesses. |
| Rights: | Plný text práce je přístupný bez omezení |
| Appears in Collections: | Bakalářské práce / Bachelor´s works (KKY) |
Files in This Item:
| File | Description | Size | Format | |
|---|---|---|---|---|
| BP_Stanicek_David_NGS.pdf | Plný text práce | 5,78 MB | Adobe PDF | View/Open |
| PosudekOponentaSTAG.pdf | Posudek oponenta práce | 66,24 kB | Adobe PDF | View/Open |
| PosudekVedoucihoSTAG.pdf | Posudek vedoucího práce | 60,47 kB | Adobe PDF | View/Open |
| Prubeh obhajoby Stanicek.pdf | Průběh obhajoby práce | 84,54 kB | Adobe PDF | View/Open |
Please use this identifier to cite or link to this item:
http://hdl.handle.net/11025/55045Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.